《合成生物学》课件 183页

合成生物学(Syntheticbiology)(概念、原理、应用)马飞\n\n\n人工染色体(技术)BAC(细菌人工染色体)：Bacteria…以细菌作为对象，将DNA片段与质粒重组后转入细菌中繁殖YAC(酵母人工染色体)：Yeast…以酵母作为对象PAC(噬菌体人工染色体)：Phagemid…以噬菌体作为对象TAC(可转化的细菌人工染色体)MAC(哺乳类人工染色体)…\n合成生物学应运而生…SyntheticBiology\nWhatisSyntheticBiology?TakinganengineeringapproachtodesignandapplyingittoBiology使用工程策略设计并应用于生物学\nWhatisSyntheticBiology?1.Biology2.Chemistry3.Engineering4.Re-Writing\nBiologistsChemistsEngineers“Re-Writers”“Thecodeis3.6billionyearsold.It’stimeforare-write.”-TomKnight\nBiology“Testmodelsbybuildingthem”\n合成生物学指人们将“基因”连接成网络，让细胞来完成设计人员设想的各种任务。例如把网络同简单的细胞相结合，可提高生物传感性，帮助检查人员确定地雷或生物武器的位置。再如向网络加入人体细胞，可以制成用于器官移植的完整器官。\n人工合成脊髓灰白质炎病毒cDNA美国纽约大学Wimmer实验室于2002年报道了化学合成脊髓灰白质炎病毒cDNA，并用RNA聚合酶将它转成有感染活力的病毒RNA。开辟了利用已知基因组序列，不需要天然模板，从化合物单体合成感染性病毒的先河。\nWimmer从装配平均长度为69bp的寡核苷酸入手，结合了化学合成与无细胞体系的从头合成，用了3年时间完成了这个划时代的工作。\nVenter实验室发展了合成基因组ΦX-174噬菌体基因是单链环状DNA，是历史上第一个被纯化的DNA分子，也是第一个被测序的DNA分子。ΦX-174噬菌体对动植物无害，是合适的合成研究对象。美国Venter实验室发展了合成基因组的工作，该实验室只用两周就合成了ΦX-174噬菌体基因(5,386bp)。Venter实验室的技术改进主要有：(1)用凝胶来提纯寡核苷酸以减少污染；(2)严格控制退火连接温度来防止与不正确的序列发生连接；(3)采用聚合酶循环装置来装配连结产物。\n合成生物学国际会议2004年6月在美国麻省理工学院举行了第一届合成生物学国际会议。会上除讨论了科学与技术问题外，还讨论了合成生物学当前与将来的生物学风险，有关伦理学问题，以及知识产权问题。随着这个领域的发展，对于合成生物学的安全性的考虑愈来愈多。现在不仅通过合成生成病毒，而且已经可以合成细菌。\n合成生物学开辟了设计生命的前景一方面有可能合成模仿生命物质特点的人工化学系统；另一方面也可能重新设计微生物如Keasling实验室向大肠杆菌中导入青蒿与酵母的基因，使大肠杆菌能在调节下合成青蒿素，从而显示了有效而价廉的治疗疟疾的前景合成生物学今后将能生成自然界不存在的新的微生物。\n应用示例Schultz实验室研究向大肠杆菌蛋白质生物合成装置中添入新组份，使之能通过基因生成非天然的氨基酸，结果取得了成功。但是要在真核细胞做到这一点还有难度。2003年，Schultz实验室报道了一种向酵母加入非天然氨基酸密码子的方法，成功地向蛋白质中导入了5种氨基酸。目前，能掺入到蛋白质的非天然氨基酸已有80多种。今后将可以直接向蛋白质导入顺磁标记、金属结合、光敏异构化等的氨基酸，促进蛋白质结构与功能的研究。\n应用示例Brenner提出向细胞DNA中掺入天然不存在的碱基来发展人工遗传系统,支持人工生命形式。合成生物学也将对生命起源，其他生命形式的研究作出贡献。\n控制生命目前，研究人员正在试图控制细胞的行为，研制不同的基因线路———即特别设计的、相互影响的基因。波士顿大学生物医学工程师科林斯已研制出一种“套环开关”，所选择的细胞功能可随意开关。加州大学生物学和物理学教授埃罗维茨等人研究出另外一种线路：当某种特殊蛋白质含量发生变化时，细胞能在发光状态和非发光状态之间转换，起到有机振荡器的作用，打开了利用生物分子进行计算的大门。\n维斯和加州理工学院化学工程师阿诺尔一起，采用“定向进化”的方法，精细调整研制线路，将基因网络插入细胞内，有选择性地促进细胞生长。\n发展方向维斯目前正在研究另外一群称为“规则系统”的基因，他希望细菌能估计刺激物的距离，并根据距离的改变做出反应。该项研究可用来探测地雷位置(TNT：生物传感器)。\n维斯另一项大胆的计划是为成年干细胞编程促进某些干细胞分裂成骨细胞、肌肉细胞或软骨细胞等，让细胞去修补受损的心脏或生产出合成膝关节。尽管该工作尚处初级阶段，但却是生物学调控领域中重要的进展。\nJ.CraigVenter：基因组替换成功利用基因组取代技术，将一种细菌改变为另一种与之亲缘关系较为紧密的另一细菌。这种由J.CraigVenter进行的“移植(transplantation)”技术，有望将合成基因组插入细胞，用于生产合成生命。用Mycoplasmamycoides的基因组取代与之关系密切的Mycoplasmacapricolum的基因组C.Lartigueetal."Genometransplantationinbacteria:Changingonespeciestoanother"Science,June28,2007.\n人类历史上第一个人造染色体合成成功美科学家称“人造生命”技术已被掌握最具争议的美国著名科学家克雷格·文特尔宣布，他的研究小组已经合成出人类历史上首个人造染色体，并有可能创造出首个永久性生命形式，以此作为应对疾病和全球变暖的潜在手段。该研究部分由美国能源部出资，希望藉此研制出新型环保燃料。由文特尔召集，诺贝尔医学奖获得者汉密尔顿·史密斯领导的研究小组在这方面已经进行了5年研究。文特尔已用化学药品在实验室中研制出一种合成染色体。\n文特尔研究小组研制出的这种新型染色体即实验室合成支原体(Mycoplasmalaboratorium)，是一种经过简化拼接的生殖支原体(Mycoplasmagenitalium)DNA序列，他们将这种合成支原体移植到活细胞中，使之在细胞中起主控作用，变换成一种新的染色体。按照实验计划，最终这个染色体将控制这个细胞并变成一个新的生命形式。这种新单细胞生物体被命名为“合成器”，受381个基因控制，包含56万个碱基对。这些基因是维持细菌生命所必备的，使它能够摄食和繁殖。由于新的生物体是在现存生物体上搭建，其繁殖和新陈代谢仍然依赖原来生物体的胞内机制。从这一角度看，它并非完全意义上的新型生命形式。但这种给特定基因赋予特定任务的观点已被众多生物学家广泛接受。\n“这是人类自然科学史上一次重大进步，显示人类正在从阅读基因密码走向有能力重新编写密码，这将赋予科学家新的能力，从事以前从未做过的研究。”他希望这项突破有助于发展新能源，应对气候变化造成的负面影响。如创造出具有特殊功能的新微生物，可被用作替代石油和煤炭的绿色燃料，或用来帮助清除危险化学物质或辐射等；还可用来合成能吸收过多二氧化碳的细菌，为解决气候变暖贡献力量。\n然而制造永久生命形式的前景极具争议性，有可能激起道德、伦理等方面的激烈辩论。加拿大生物伦理学组织ETC团体主任帕特·穆尼说，文特尔制造出了“一个基架，在此基架上人们几乎可以制造出任何东西”，“它可以用于研究新型药物，也可以用于对人类产生巨大威胁的生物武器”。\n2009：Venter：Science把蕈状支原体的基因组加以改造，使它能够终移植到山羊支原体内，形成了一个新的蕈状支原体细胞。这也是今年这篇科研论文的雏形，在国外的科学媒体上曾经引发热烈的讨论。\n2010年的重要大事：“人造生命”诞生JohnCraigVenter搅乱了(生命)科学界\n《用化学合成的基因组构建一个细菌细胞》\nVenter的实验http://www.science-weekly.cn//skhtmlnews/2010/6/1090.html实验对象：蕈状支原体。支原体是已知的可以自由生活的最小生物,也是最小的原核细胞。是一种原核微生物,内部结构很简单，基因组仅有一百多万碱基对，远小于真核生物基因组十亿级的碱基数量，这也是Venter选择操作它的原因。Venter早在1995年就对生殖支原体测序，并致力于研究维持自由生命的最小基因组。在2008年，Venter的团队合成了长达59万碱基对的生殖支原体基因组。此后，他们选择生长速度更快的蕈状支原体来做实验。如果仅仅从技术上来说，Venter做了一个无懈可击的实验，“人造生命”思路和流程都做得无懈可击。\n三个步骤：合成、组装和移植合成：蕈状支原体的基因组是一条大片段的DNA分子，序列是A、T、G、C四种脱氧核糖核苷酸的排列组合。通过实验确定维持其生命周期的最小基因组，并加上4个“水印基因”作为标记。用计算机精确计算需要合成DNA分子序列，并用化学方法合成A、T、G、C碱基，并使其按所要求序列延伸。这是它被称为“人造生命”或者“化学合成”的关键。Venter用化学方法合成了一千多个约1kb的DNA片段，作为这次组装的基本材料。\n组装：因为合成生物学技术上的局限，不能直接合成上万碱基对的DNA大分子，所以Venter等人巧妙地借助啤酒酵母和大肠杆菌的帮助，把1Kb的DNA分子有序准确的连成超过1000kb的片段。移植：Venter等把这个合成基因组移植到不含限制性酶切系统的山羊支原体中，基因组能使用后者的酶系统进行自我复制，经过多代繁殖后，长成的菌落已经纯粹由蕈状支原体组成。\n\n\n\nVenter：“创造了一个计算机为父母的生命”\nJCVI：将8个由60个核苷酸组成的DNA片段，首次人工合成实验老鼠的线粒体基因组\n使用8个只含有60个核苷酸的DNA片段，让它们同酶和化学试剂的混合物相结合，在50℃下孵化1小时，5天内合成出了实验鼠的线粒体基因组，得到的基因组能够纠正具有线粒体缺陷的细胞内的异常。\n用途：生物能源、生物除污…Venter下一步的计划就是合成某种海藻基因组，这种新型海藻可以通过光合作用把空气中的二氧化碳转化成汽油或者柴油等清洁能源，从而有效解决目前的气候变化和能源危机。疫苗、药物、生物能源、生物除污等\nWhatisSyntheticBiology?——从原理角度来看\nSyntheticBiology\nUndergraduatesinSyntheticBio.internationalGeneticallyEngineeredMachineshttp://parts.mit.edu/registry/index.php/Main_Page\nLegoAssemblyforDNAPartshttp://parts.mit.edu/registry/index.php/Assembly:Standard_assembly\nSelf-organizedPatternFormationWhatcanyoumakeinSB?ArsenicDetector脓毒症砷\nModifyinglifeBiotechnology–Techniquesthatuselivingorganismsorpartsoforganismstoproduceavarietyofproducts(frommedicinestoindustrialenzymes)GeneticEngineering–Introductionofgeneticchanges(add,modify,delete)intoanorganismtoachievesomegoalSyntheticBiology–Createnovelbiologicalfunctionsandtoolsbymodifyingorintegratingwell-characterizedbiologicalcomponents(i.e.genes,promoters)intohigherordergeneticnetworks\nSyntheticBiologyHistory1970–Firstgenesynthesizedfromscratch(alaninetRNA)1978–NobelprizeawardedtoWernerArber,DanielNathansandHamiltonSmithforthediscoveryofrestrictionenzymes1978(BoyeratUCSF)–AsyntheticversionofthehumaninsulingenewasconstructedandinsertedintothebacteriumE.coli.1980–KaryMullisinventsPCR1991–Affymetrixchip-basedoligonucleotidesynthesis2003–FirstiGEMcompetition,creationofstandardizedpartslibrariesatMIT\nBiotechnology1.0ResearchWorkflow1.Concept2.CollectDNAfragments(PCR,isolation,vendors,etc)6.Transform7.Test3.Benchwork5.VerifyDNA4.Sequence\nDNAsynthesiscostsaredroppingForexamplethebacteriaMycoplasmagenitaliumhasthesmallestgenomeoutofalllivingcells:517genesover580kb.Minimalcostsofoligocreation(notincludingerror-checking):Mid1990s:$1/bp=$580,000Circa2000:$0.35/bp=$203,0002006:$0.11/bp=$63,800Ambitiouspredictionofnot-too-distantfuture(Churchetal,2004):$0.00005/bp=$29\nSynthesislengthsareincreasing\nCommercialDNASynthesisCompaniesDataSource:RobCarlson,UofW,SeattleBioneerSouthKoreaCinnagenTehran,IranTakaraBiosciencesDalian,ChinaInqabaBiotecPretoria,SouthAfricaFermentasVilnius,LithuaniaBioS&T,AlphaDNA,BiocorpMontreal,CanadaGENEARTRegensberg,GermanyMWGBangalore,IndiaZelinskyInstituteMoscow,RussiaScinoPharmShan-hua,TaiwanGenosphereParis,FranceBiolegioMalden,NetherlandsAmbionAustin,TexasBiosearchNovato,CaliforniaBio-SynthesisLewisville,TexasChemgenesWilmington,Mass.BioSpringFrankfurtamMain,GermanyBiosourceCamarillo,CADharmaconLafaette,Co.CyberGeneABNovum,SwedenCortecDNAKingston,Ontario,CAEurogentecBelgium,U.K.DNATechnologyAarhus,DenmarkGenemedSynthesisS.SanFrancisco,CADNA2.0MenloPark,CAMetabionMunich,GermanyMicrosynthBalgach,SwitzerlandJapanBioServicesJapanBlueHeronBiotechnologyBothell,WAGeneworksAdelaide,AustraliaImperialBio-MedicChandigarh,IndiaBioserveBiotechnologiesHyderabad,IndiaGenelinkHawthorne,NY.\nDNASynthesis(Caruthersmethod)ErrorRate:1%0.9950=0.60300secondsperstep\nMicroarrayoligonucleotidesynthesis\nThepowerofparallelismChip-basedversuslinearsynthesis\nOligonucleotidessynthesizedSingle-strandedfragmentsof50-90nucleotides3’-overlappingnextfragmentby17nucleotides(Tmcalculated52-56°)Steps1to5involvemultipleroundsofPCR(heatingto95°,coolingto56°,andPCRat72°).Numberofroundsdependsonnumberoffragments.CarriedoutbyPCRmachine.Finalstepofamplificationofcompletegenedrivenbyuseofexcessofterminalsingle-strandedfragmentsPCR-basedoligoligation\nIntheory,thescaleofsynthesisisunlimited\nBiotechnology2.0ResearchWorkflow1.Concept2.Design/debug/test4.Designoligos6.Transform7.Test5.SynthesizeDNA3.Runcode\nWhataretheimplicationsofDNAsynthesiscapacity+freedomofinformation?\nTheproblem:“DualUse”ResearchDualuseresearchincludeslifesciencesresearch:WithlegitimatescientificpurposeThatmaybemisusedtoposeabiologicthreattopublichealthand/ornationalsecurity.\nHoweasyisittogetthistechnology?\nWhatcanwedo?NumberofIndividualsIndividual’sIntenthonorabledishonorableBinLadenGenetics,Inc.DisgruntledResearcherGarageBio-HackerBasicResearcherRiskspectrum\nBasiclogiccircuitsBorrowingfromelectricalengineering\nProteinExpressionBasicsRNApolymerasebindstopromoterRNAPtranscribesgeneintomessengerRNARibosometranslatesmessengerRNAintoproteinZZPromoterZGeneProteinTranscriptionRNAPolymeraseDNATranslationMessengerRNA\nRegulationThroughRepressionandInductionRepressorproteinscanbindtothepromoterandblocktheRNApolymerasefromperformingtranscriptionTheDNAsitenearthepromoterrecognizedbytherepressoriscalledanoperatorThetargetgenecancodeforanotherrepressionproteinenablingregulatorycascadesZPromoter&OperatorZGeneRGeneRRRPromoterTranscriptionTranslationDNABindingRNAPolymerase\nLogicCircuitsProteinsarethewires/signalsPromoters+decayimplementthegatesAnyfinite-statedigitalcircuitcanbebuiltForexample,XorYZXYR1ZR1R1XYZ=genegenegene\nTranscription-BasedInverterProteinconcentrationsareanalogoustoelectricalcurrentBUT…proteinsdonotfunctioninanisolatedsystemandneedtobeunique0110RRZ\nSimpleInverterModelROperatorZGeneZR\nCooperativityCooperativeDNAbindingiswherethebindingofoneproteinincreasesthelikelihoodofasecondproteinbindingCooperativityaddsmorenon-linearitytothesystemIncreasesswitchingsensitivityImprovesrobustnesstonoiseZPromoter&OperatorZGeneRGeneRRRPromoterTranscriptionTranslationCooperativeDNABindingRNAPolymeraseR\nCooperativeInverterModelRROperatorZGeneZR\nBioCircuitComputer-AidedDesignSPICEBioSPICEsteadystatedynamicsintercellularBioSPICE:aprototypebiocircuitCADtoolsimulatesproteinandchemicalconcentrationsintracellularcircuits,intercellularcommunicationsinglecells,smallcellaggregates\nGeneticCircuitElementsinputmRNAribosomepromoteroutputmRNAribosomeoperatortranslationtranscriptionRNApRBSRBS\nABioSPICEInverterSimulationinputoutputrepressorpromoter\nTheyworkinvivoFlip-flop(Gardner&Collins,2000)Ringoscillator(Elowitz&Leibler,2000)However,cellsareverycomplexenvironmentsCurrentmodelingtechniquespoorlypredictbehavior“ProofofConcept”Circuitstime(x100sec)[A][C][B]B_S_RA_[R][B]_[S][A]time(x100sec)time(x100sec)RS-Latch(“flip-flop”)Ringoscillator\nCellularLogicSummaryCurrentsystemsarelimitedtolessthanadozengatesThreeinverterringoscillator(Elowitz,2000)RSlatch(Gardner,2000)Inter-cellcommunication(Weiss,2001)Anaturalrepressor-basedlogictechnologypresentsseriousscalabilityissuesScavengingnaturalrepressorproteinsistimeconsumingMatchingnaturalrepressorproteinstoworktogetherisdifficult\nCellularLogicSummarySophisticatedsyntheticbiologicalsystemsrequireascalablecellularlogictechnologywithgoodcooperativityZinc-fingerproteinscanbeengineeredtocreatemanyuniqueproteinsrelativelyeasilyZinc-fingerproteinscanbefusedwithdimerizationdomainstoincreasecooperativityAcellularlogictechnologyofonlyzinc-fingerproteinsshouldhopefullybeeasiertocharacterize\nSingleZinc-FingerStructureDNAThreeBaseRecognitionRegionZincAtomAlphaHelixTwoBetaSheets\nPoly-FingerZFPsA.C.Jamieson,J.C.Miller,andC.O.Pabo.Drugdiscoverywithengineeredzinc-fingerproteins.NatureReviewsDrugDiscovery,May2003\nComplexsystemsQ:Butifwedon’tfullyunderstandalltherulesofbiology,howcanwecreateanythingmorethanbasicsystems?A:Wecanpressourlimitsbymodularizingandsimplifyingasmuchaspossible.\nStandardizationofComponentsPredictableperformanceOff-the-shelfMechanicalEngineering(1800s)&themanufacturingrevolution(e.g.HenryFord)AbstractionInsulaterelevantcharacteristicsfromoverwhelmingdetailSimplecomponentsthatcanbeusedincombinationFromPhysicstoElectricalEngineering(1900s)DecouplingDesign&FabricationRulesinsulatingdesignprocessfromdetailsoffabricationEnableparts,device,andsystemdesignerstoworktogetherVLSIelectronics(1970s)EnablingSyntheticBiology\nCharacterizationCataloginput-outputcharacteristicsofexistingandnewparts/devices\nStandardizationPhysicalconnectionsFunctionalconnectionsPerformanceAPoPSINPoPSOUT\nSBworksviathreelayersofabstractionDevicesPartsSystems\nAbstractioninbiologyDevicesPartsSystems\nBarriers-Technological-Legal-Ethical\nSyntheticBiology:IntellectualPropertyRelationshipofsyntheticbiologytointellectualpropertylawhasbeenlargelyunexplored.Therelevantresearchspacealreadycontainsbroadpatentsonfoundationaltechnology.Syntheticbiologycommons?Toolsofopensource–propertyrightscoupledwithvirallicensing\nSyntheticBiology:IntellectualPropertyWhatispatentableand/orcopyrightable?BroadbiologicalfunctionsSpecificsequencesSpecificusesSourcesofuncertaintyinsyntheticbiologyasrelatedtoIPRdefinitionsWhatareeffectsofalternatedefinitionsofwhatispatentableandcopyrightableon:Developmentoffield?Efficiency?Justice?\nSyntheticBiology:IntellectualPropertyPatentsonfundamentalideasinsyntheticbiologyExample:Apatentontheideaofabiologicalpart:apieceofDNAwithspecificfunctionthatcanbecombinedwithanotherpartinapredefinedfashion.Suchapatentwouldbeimpossibletocircumvent.Itrepresentsafundamentalconceptthatunderpinssyntheticbiology.SeeStanfordpatentonSystemandmethodforsimulatingoperationofbiochemicalsystems.UnitedStatesPatent5914891\nSyntheticBiology:IntellectualPropertyPatentsonfundamentalbiologicalfunctionsExample:Apatentonagenetically-encodedinverterSuchapatentwouldbealmostimpossibletocircumventbecauseitrepresentsabasicbiologicalfunctionthatisofuseinarangeofsyntheticbiologicalsystems.SeeUSDeptofHealthpatentonMolecularcomputingelements,gatesandflip-flops.UnitedStatesPatent6774222SeeBostonUniversitypatentonMulti-stategeneticoscillator.UnitedStatesPatent6737269SeeBostonUniversitypatentonBistablegenetictoggleswitch.UnitedStatesPatent6841376SeeBostonUniversityparentonAdjustablethresholdswitch.UnitedStatesPatent6828140\nSyntheticBiology:IntellectualPropertyPatentsonclassesofbiologicalmoleculeswithaparticularfunctionExample:ApatentontheuseofzincfingerproteinstobindaspecificsequenceofDNA.SuchapatentisnotimpossibletocircumventbecausethereareotherproteinsthatbindDNAandthatcouldbeengineeredtobindnewsequences.SeeMITpatentonPolyzincfingerproteinswithimprovedlinkers.UnitedStatesPatent6903185SeeScrippsResearchInstitutepatentonZincfingerbindingdomainsforGNN.UnitedStatesPatent6610512SeeSangamoBiosciences,Inc.patentonRegulationofendogenousgeneexpressionincellsusingzincfingerproteins.UnitedStatesPatent6607882\nSyntheticBiology:IntellectualPropertyPatentonaparticularbiologicalmolecule.Example:Apatentonthesequenceofaparticularproteinthatsenseslightandtransmitsasignalintothecell.Suchapatentwouldlikelybefairlyeasytocircumventbecausethereareprobablyafewaminoacidsthatcouldbechangedintheproteinsuchthatitwoulditwouldstillbefunctionalyetnothavetheexactsamesequenceasspecifiedinthepatent.Thereareexceptionstothisrule:Someproteinsthathavebeensooptimizedforaspecificfunctionthatanymutationinthesequencecanleadtolessfunctionality(e.g.,thepeptidedrugZiconitide).\nhttp://parts.mit.eduOpencommonsofbiologicalfunctions\nOpen-accessbiology?Whenatechnologyisproprietary,boththeabilityandinterestinexamining&troubleshootingproblemsisrestrictedtothosewiththeIPMightopen-accessbiologygenerateahigherqualityproduct?Orwoulditstifleinnovationthroughalackofinterest?\nProgrammedOrganisms(编程性物种)Super-efficientagricultureviaalterednutrientuptake(nitrogenfixingplants,etc)Controlledcropmaturing(countdays)ChemicallycontrolledpetsBiologicalrobotsBeneficialbacterialinfectionsprogrammedtoaugmentimmunity,provideneededvitamins,etc.CellsthatcirculateinthebodyasanextensionofimmunesystemSyntheticBiologyApplications\nSmartMaterials(聪明材料)Livingself-repairingmaterials(自我修复)NewdevicesandassemblytechnologiesNanofabricationofmicroandmacromaterialsEnergyproductionandstorage(能量产生与储存)NewbiologicalpathwaysSyntheticBiologyApplications\nMedicalMolecularmedicaldevicesReversalofaging(返老还童)Diseasefighting(抗病)Implantablelivingbatteryformedicaldeviceoutofelectriceelcells.Humansthatphotosynthesize(人类光合成)SyntheticBiologyApplications\nSensors(传感器)SmartsensorsUsecellstoread,process,outputinformationDetectarbitrarysubstancesSelf-reproducingchemical/radioactivitysensorsDetectbiotoxinsandencapsulate.flashwhenitdoes.Responsivematerials(e.g.,oillubricantsbydesign/need)ToolstomeasureconcentrationofproteinincellEcosystemdebugger(read/write)IntelligentBiosensors(智能型传感器)SyntheticBiologyApplications\nTerraformingCreatinglifeonotherworlds仿地成形（尤指在科幻小说中，在外星球创建仿地球的生存环境，以使人类能够生存）\nNewlydiscoveredarchaeaExtremophiles:ThermophilestoPsychrophiles\nLifeasahyperthermophile(hightemperature)Problem:AthighT,membranesbecometoofluidandpermeable.Adaptation:ChangethelipidstobemorewaxyProblem:atT>70C,DNA&RNAstartstodegradeAdaptation:Increasethesaltsolutionwithinthecelltoprotectthem.Adaptation:GenomicbiastowardsthemorestableG-CbasepairsProblem:Proteinsdon’tfoldaswellathighTAdaptation:Evolvemorestably-foldingproteins(e.g.,tighterhydrophobiccores)Lifeasapsychrophile(lowtemperature)Problem:AtlowT,membranesbecometoostiff.Adaptation:Changethelipidstobemoregreasy.Problem:Waterfreezes,andicecrystalsbreakcellsAdaptation:Use“antifreeze”moleculestoinhibitcrystalgrowthProblem:NotenoughenergytoovercomechemicalbarriersAdaptation:EvolvemoreactiveenzymesLifeasanextremophile\nOxyphiles–organismsthatloveoxygen(需氧)Problem:Oxygenreactionsproducereactivespecieslikeoxygenfreeradicals,Adaptation:Developanti-oxidants(e.g.,somevitaminsandflavinoids)Halophiles–organismsthatliveinhigh-saltenvironments(高盐)Problem:ReverseosmoticpressuredesiccatescellsAdaptation:Producesomethinginsidecell(usu.glycine,sometimespotassium)whoseosmoticpressurebalancesthatofsaltoutsidecell.Acidophiles/Alkalophiles–organismsthatloveacidic/basicconditions(酸碱)Problem:ProteinscanbedegradedbychangesinpH(e.g.,ceviche)Adaptation:UsemolecularpumpstokeeptheinteriorpHclosetoneutral.Xerophiles–organismsthatliveinextremelydryenvironments(干燥)Problem:waterevaporates.Adaptation:Protectsurface(desertvarnish)Adaptation:Increaseinteriorosmoticpressure,orletcelldryout…Problem:Oxygenfreeradicalsaccumulateascelldries;DNAbreaksAdaptation:Fixit!Sidebenefit:extremeradiationresistance[D.Radiodurans:incredibleresistance]Otherextremophiles\nDesertVarnish–existsinthedriestplacesonEarthVarnishincludesbacteriathat:Arrangeclayandmanganeseabovethemtoshieldthemfromtheelements;oxidizeMntoproduceATPAregreatforshowingwherepollutantsinwaterexistorwhereoff-roadvehiclesstirupalkalinedust.Lichens–asymbiosisoffungiandalgaeDryoutcompletelyandphotosynthesizeonlywhenwetThefirststepincreatingsoiloutofrock(e.g.,SierraNevada:polishedbyglaciers12kyrago,heavilywoodednow.)Edible!(Manna?)Xerophiles\nPiezophiles–organismsthatliveathighpressure(高气压)Pressureincreasesby1atm(=15poundspersquareinch)every10metersinwater,orevery5metersinrock.Benefit:Waterisliquidforahigherrangeoftemperaturesasthepressuregoesup…thisallowsliquidwatertotensofkilometersdepth[Tgoesup25Cperkmincrust…so121C=about4km]Problem:PressurechangesthepackingofDNAandmembranelipidsProblem:Pressureinhibitsreactionsthatlowerthedensity(moreproductsthanreactants)Adaptation:?LifeinVacuum1964:Surveyor3camerainspacefor2.6years,unprotected.OnreturningfromtheMoon,viablestreptococcusbacteriaareculturedfromit!Moreextremophiles\nLongevityViablemicrobesfromicecores(LakeVostok)–upto20MyrFrombeeabdomensinamber–25MyrFromsaltinsaltmines–manyMyr(controversial)Multicellularextremophiles?Tartigrades(waterbears):inadry(tun)state,canwithstandtemperaturesupto151C,X-rays,vacuum,andpressuresof6000atmospheres.Lifewithoutlight?Autolithotrophiccommunities:(SLiMe)Basaltrock&water:hasC,N,O,H,S–justneedenergyEnergyfromoxidationofS&HandreductionofSandnitrates.Note:lifehadtobelikethisbeforephotosynthesiswasinvented.Moreamazinglife\nSummaryCreatingbiologicalcircuitsmayteachusasmuchaboutlifeastryingtoreverse-engineerthem(learnbydoing)ThekeystoSBareabstraction,isolationofdesign&fabricationprinciplesandmodularity\nSyntheticBiologySergioPeisajovichLimLabJune2007\nSyntheticBiologyWhatisSyntheticBiology?Itisanemergingfieldofbiologythataimsatdesigningandbuildingnovelbiologicalsystems.Thefinalgoalistobeabletodesignbiologicalsystemsinthesamewayengineersdesignelectronicormechanicalsystems.\nWhydoweneedit?“WhatIcannotcreate,Idonotunderstand.”-RichardFeynman无法创造的东西，我无法理解——只有通过创造才能理解。不能理解的东西，我无法创造。WhatIcannotcreateIdonotunderstand.——美国物理学家理查德·费曼\nSyntheticBiologyWhydoweneedit?CellsaretheultimateChemicalFactory.\nSyntheticBiology1-BiologyishierarchicalIsitachievable?\nSyntheticBiology2-BiologyisModularIsitachievable?\nSyntheticBiologyHierarchyandModular(recurrent)organizationallowsbiologytobeunderstandableandsyntheticbiologytobepossible.Isitachievable?\nSyntheticBiologyApossiblehierarchyforsyntheticbiology\nSyntheticBiologyBiologicalComponents:1-Parts\nSyntheticBiologyBiologicalComponents:2-Devices\nSyntheticBiologyBiologicalComponents:3-SystemsorModules\nSyntheticBiologyBiologicalComponents:3-SystemsorModulesBasuetal(2005)Nature,434:1130-4\nSyntheticBiologyBiologicalComponents:3-SystemsorModules\nSyntheticBiologyBiologicalComponents:3-SystemsorModules\nSyntheticBiologyForsyntheticbiologytobecomeaformofengineeringitwillbenecessarytoachieveprecisionandreliability.Factorspreventingthis:1-Incompleteknowledgeofbiology.2-Inherentfunctionaloverlap(partswithmany-someunknown-functions,someofwhicharedetrimentaltothegoalinmind.3-Incompatibilitybetweenparts.4-Partsfunctionalitydependsoncontext.SyntheticBiologyasEngineering2-CIrepressesexpressionofunrelatedhostgenes3-LuxRinteractswithCIandblocksitsfunction4-GFPisnon-fluorescentinhost\nSyntheticBiologySyntheticBiologyasEngineeringStandardPartsPartsshouldnothavemultiplefunctions(OnesubunitofT7phageDNApolymeraseisactuallyE.colithioredoxin)Partsshouldnotencodemultiplefunctions\nSyntheticBiologySyntheticBiologyasEngineeringStandardPartsDifferentpartsshouldbecompatiblePartsshouldworkindifferentcontexts\nSyntheticBiologySyntheticBiologyasEngineeringStandardPartsStandardizedpartscouldbeeasilyexchangedbetweendifferentdevices(aswellasbetweendifferentlaboratories)\nSyntheticBiologySyntheticBiologyasEngineeringAbstractionDNATGCATGCTGATATACGGCTCGATPartsDevicesSystems\nYeast&CloningSergioPeisajovichLimLabJune2007\nExperimentalLabWhyYeast?TheyeastSaccharomycescerevisiae(alsocalled“baker’syeast”)isprobablytheidealeukaryoticmicroorganismforbiologicalstudies.Yeastgenome:fullysequencedandeasytomanipulate.Basicmechanismsofyeastcellbiology(suchasDNAreplication,recombination,celldivisionandmetabolism)arehighlysimilartothatofhigherorganisms(includinghumans).\nExperimentalLabYeastLifeCycle\nExperimentalLabYeast:IdealPlatformforSyntheticBiologyAddparts,devicesorevenmodules(inan“extra-genomic”format-plasmid-based-or“integrating”themwithintheyeastgenome.Deletespecificyeastgenes,toremove“background”orinterference.Add“reportergenes”tomonitorinrealtimethefunctionofthesyntheticparts/devices/modulesunderstudy.Lifecyclefastenoughsothatwecoulddoallthesegeneticmanipulationsinareasonableamountoftime.\nParts/Devices/ModulesarebuiltinbacteriaEmptyinitialplasmidPlasmidcodingthedesireddeviceTransformintoYeastExperimentalLabYeast:Addingparts…inplasmids\nExperimentalLabYeast:Addingparts…inplasmidsgrowthinselectivemedium\nExperimentalLabYeast:Addingparts…intothegenomeHomologousrecombinationallowsgenomicintegration,butwestillneedtoselect:\nExperimentalLabYeast:Addingparts…intothegenomePart/Device/ModuleURA3plasmidDigestwithspecificrestrictionenzymePart/Device/ModuleplasmidLinearDNA,readyforyeasttransformationandintegrationPart/Device/ModuleURA3*HomologousRecombinationYeastChromosomeIncomingLinearDNAURA3*URA3Part/Device/ModuleIntegration(Notethat2copies,onedefectiveandonefunctional,ofthemarkeraregenerated)YeastChromosome\nExperimentalLabYeast:Addingparts…intothegenomeURA3plasmidURA3PCRproductLinearDNA,readyforyeasttransformationandintegrationyfgHomologousRecombinationYeastChromosomeURA3Integration(yfgisnowdisrupted)YeastChromosomeURA3\nPart1plasmidplasmidPart1plasmidplasmidPart2Part1plasmidplasmidPart2Part3ExperimentalLabCombinatorialCloning\nABBCCDADADExperimentalLabCombinatorialCloningBasedonTypeIIsrestrictionenzymes\nABBCCDADADADCombinatorialCloningExperimentalLabCombinatorialLibraries\nExperimentalLabSyntheticBiologyasEngineeringEngineeringNegativeFeedbackLoopsNegativeEffectorstobeused:OspF(MAPKPhosphothreonineLyase)YopJ(MAPKKSer/Thracetylase)YopH(MAPKTyrphosphatase)Promoterstobeused:Constitutiveexpression(Adhp,CycIp,Ste5p)Induciblebypathwayactivation(STLp,Fig1p)Protein-interactiondomains:LeucineZippers(highandmediumaffinities,somewithdegradationmotif)PromTagEffectorZipperTerm\nExperimentalLabSyntheticBiologyasEngineeringEngineeringNegativeFeedbackLoops1-CombinatorialCloninginBacteria2-TransferConstructsintoYeast3-AnalyzePathwayBehavior\nExperimentalLabSyntheticBiologyasEngineeringEngineeringNegativeFeedbackLoops1-CombinatorialCloninginBacteriaDONORSACCEPTORS\nPromTagEffectorZipperTermExperimentalLabSyntheticBiologyasEngineeringEngineeringNegativeFeedbackLoops1-CombinatorialCloninginBacteria\nExperimentalLabSyntheticBiologyasEngineeringEngineeringNegativeFeedbackLoops2-TransferConstructsintoYeast3-AnalyzePathwayBehaviorFACSMicroscopy\n基因未来可能成标准件新物种将像电脑般被组装将一个青蒿基因植入大肠杆菌，改造后的大肠杆菌制造出一种中间化合物，这种化合物经过数步处理就能成为青蒿素的原料--青蒿酸。把一种特殊的酶植入酵母后，酵母把前面提到的中间化合物改造成了青蒿酸。可以说，通过微生物工业生产青蒿素的技术链条已经基本成形，只剩下最后一层"窗户纸"了。意味着青蒿素的价格将下降90%，意味着更多的人将可能活下来……\n蛋白质翻译转录逆转录复制复制DNARNA\n克隆羊多利的诞生胚胎羊乳腺上皮细胞(提供DNA)母羊除去细胞核的卵母细胞(受体)体外融合植入受体母羊\n首个人造物种问世意义将超过克隆羊文特尔在破解人类基因组的计划中起了重要作用“人造物种”对大部分人来说还是一个陌生的概念，但在生物学界已经是炙手可热的新型研究领域。曾在破解人类基因组计划中起到重要作用的美国科学家克雷格·文特尔再次走到了前列。\n能吃CO2的细菌采用合成生物学的办法——将携带特定遗传密码的DNA片段合成最小、最简单的基因组，并将该基因组植入已经去掉遗传密码的细菌体内，形成新的微生物，然后观察它们是否能激活，进行新陈代谢和繁殖。这种细菌能吸收二氧化碳，减轻温室效应，还能产生氢气和生物能源。\n将遗传因子植入大肠杆菌进行摄影美国加州大学旧金山分校和得克萨斯大学的研究者成功地利用转基因大肠杆菌拍摄了研究小组成员的肖像。这是在合成生物学领域人类所取得的一个新的成果。大肠杆菌是一种容易引起食物中毒的细菌，但经过转基因处理，它却具有了与照相机的胶卷几乎一样的成像本领。旧金山分校29岁的克里斯.博伊特是本次研究的主要带头人。\n他的研究小组将经过光的反应可以释放出黑色化合物的海藻的遗传基因采集下来，植入大量的大肠杆菌之中。然后再将这些被植入了遗传因子的大肠杆菌放入一个培养器皿中，送入培养器中进行培养。之后，从培养器的上面，用功力很强的投影仪将研究小组成员的画像投影上去，使细菌的一部分感光。结果，“拍摄”下来研究小组的画像就像从前的黑白照片一样，虽然有些朦胧，当人样子还是出来了。博伊特说，像素大约为100万，可达高性能打印机的十倍。\n\nDo-It-YourselfBiologySyntheticBiologistDrewEndy:ProgrammingLivingSystems\n\n\n\n\n\n微软公司涉足合成生物学获得首笔资助的研究人员来自加拿大的英属哥伦比亚大学和美国的哈佛大学、约翰·霍普金斯大学、加州理工学院等他们的研究方向包括研制下一代的克隆方法、创建让DNA折叠成更复杂形状的计算机密码、使用可设计编程的层叠键，让DNA折叠变得更大、更复杂，并具有结构重建的特性。\n\n合成生物学国际基因工程机器设计大赛研讨会在天津大学召开2007年4月16日-17日，合成生物学与国际基因工程机器设计大赛(internationalGeneticallyEngineeredMachinecompetition简称iGEM)研讨会在天津大学召开。合成生物学作为一门迅速成长的新生学科，一经兴起便引起了世界知名学府的广泛关注，M.I.T.于2003年基于合成生物学的思想发起了iGEM大赛，并将其在2005年迅速升级为世界范围的比赛。哈佛，剑桥，普林斯顿无不对此表现出极大热衷，参赛者充分发挥自己的创意，用生物系统中的基本组件(基因，蛋白质等)合成出具有某些特定生物学功能的基因电路。已有不少经典案例如生物底片，生物传感器等体现了合成生物学的最高水平或者成功应用于解决环境健康等国际问题。\n北京大学代表队获得iGEM比赛唯一大奖在2007.11.04于美国麻省理工学院(MIT)举行的第三届国际基因工程机械设计竞赛(简称iGEM)上,首次参赛的北大代表队与包括美国哈佛大学代表队、麻省理工学院代表队、普林斯顿大学代表队,英国剑桥大学代表队、帝国理工学院代表队,法国巴黎第七大学代表队等国际一流大学代表队在内的全球54支大学代表队展开激烈竞争,最终脱颖而出,获得了信息处理专项奖第一名和iGEM竞赛唯一大奖。这也是中国第一次派队参加该比赛。\n合成生物学会议2005年8月19~20日在美国旧金山举行了合成生物学会议，讨论了生物安全以及在药物开发、细胞重编程和生物机器人方面的潜在应用，以及随之而来的伦理、法律问题。这个讨论使人想起1975年对生物工程的讨论。通过合成生物学，无需占有实在的生物就可以得到它的基因组。从理论上讲，合成生物学使实验室可以创造剧毒的生物或耐药的细菌，或者使细菌产生新的毒素。美国中央情报局去年11月警告说，合成生物学会产生比任何人类疾病都严重的疾病。\n国际合成生物学会议\n“中美英合成生物学研讨会”在沪召开来源：中国科学院上海生命科学研究院日期:2011年10月14日10月12日上午，第二届中英美“三国六院”（科学院和工程院）合成生物学研讨会在中科院上海生命科学研究院隆重开幕。中国科学院副院长李静海、科技部基础司司长张先恩、中国工程院国际合作局局长程家怡出席开幕式并致辞。学术研讨会主题为“合成生物学的使能技术”，由中国科学院和中国工程院共同主办，会期为10月12日到10月14日。主要研讨合成生物学的技术创新与集成，以促进其对科学研究的推动和工程技术及其应用能力的提升。\n\n国内林其谁:合成生物学(生命的化学)军事医学科学院生物工程研究所(陈惠鹏)…\n作者：宋凯合著者:黄熙泰出版社：科学出版社出版日期：2010年2月ISBN：703026731页数：172装帧：平装　开本：16版次：1\n未来是否可以预测？“技术的进步给作战方式带来的变革是不以战场指挥官的意志为转移的”：战争史证明，"一旦技术上的进步可以用于军事目的并且已经用于军事目的，它们便立刻几乎强制地，而且往往是违反指挥官的意志而引起作战方式上的改变甚至变革。"\n敢想、敢做、能做！Nothingisimpossible!\n关于973计划重大科学问题导向项目申报的通知科技部门户网站www.most.gov.cn2010年10月12日来源：科技部…7、人工合成生物体系（受理项目申报）研究内容：重要模式微生物基因组的最小化、功能分析和人工合成，光合作用与人工叶片，重大生物基产品的生物合成途径创建与人工细胞工厂等。…\n多重PCR技术的应用\n多重PCR技术：引物设计层面MFEprimer:multiplefactorevaluationofthespecificityofPCRprimers(Bioinformatics,2009)MPprimer:multiplexPCRprimerdesign(BMCBioinformatics,2010)VizPrimer:awebserverforvisualisedPCRprimerdesignbasedonknowngenestructure.(Bioinformatics,2011)\nMFEprimer：引物质量评价http://biocompute.bmi.ac.cn/MFEprimer/\nMFEprimer：引物质量评价http://biocompute.bmi.ac.cn/MFEprimer/\n\n\nMPprimer：多重PCR引物设计系统http://biocompute.bmi.ac.cn/MPprimer\nMPprimer：多重PCR引物设计系统http://biocompute.bmi.ac.cn/MPprimer\n\n2000bp1000bp750bp500bp250bp100bp2000bp1000bp750bp500bp250bp100bppß-actin(994bp)+++++++++pB2m(665bp)+-++--+-+pPgk1(448bp)++++--+++pGAPDH(243bp)+--+--++-pRp113a(143bp)+--++++-+994bp665bp448bp243bp143bp994bp665bp448bp243bp143bp\nVizPrimer：可视化PCR引物设计http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/VizPrimer/\nVizPrimer：可视化PCR引物设计http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/VizPrimer/\nVizPrimer：可视化PCR引物设计http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/VizPrimer/\nVizPrimer：可视化PCR引物设计http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/VizPrimer/\nVizPrimer：可视化PCR引物设计http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/VizPrimer/\nVizPrimer：可视化PCR引物设计http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/VizPrimer/\n谢谢！